一、中国共产党执政能力建设云南研究基地
二、云南藏区建设与发展研究基地
三、云南民族文化与文化产业发展研究基地
四、云南生态建设与可持续发展研究基地
五、云南滇学研究基地
六、云南周边安全与区域合作研究基地
七、云南现代管理与新型工业化研究基地
八、云南教育发展与西南联大研究基地
九、云南人力资源开发与管理研究基地
十、云南旅游产业发展研究基地
十一、云南医疗改革与健康社会科学研究基地
十二、云南“三农”问题与新农村建设研究基地
十三、云南民族医药保护与产业发展研究基地
十四、云南跨境民族宗教社会问题研究基地
十五、云南人口较少民族发展研究基地
十六、云南省财税与公共政策研究基地
十七、云南对外金融合作研究基地
十八、云南省森林资源资产管理及林权制度研究基地
十九、云南非物质文化遗产研究基地
二十、云南禁毒问题研究基地
二十一、滇池(湖泊)流域生态文化研究基地
二十二、南诏大理历史文化传承与发展研究基地
二十三、云南城市文化研究基地
二十四、彝族历史文化与社会发展研究基地
二十五、滇越合作研究基地
二十六、云南党的群众路线研究基地
二十七、云南少数民族哲学思想研究基地
二十八、云南产业发展与经济运行研究基地
二十九、云南缅甸研究基地
三十、云南汉语言文学与中华文化认同研究基地
三十一、云南跨境民族文化研究基地
三十二、云南社会经济统计监测与预警研究基地
三十三、云南国际哈尼/阿卡社会历史与文化发展研究基地
三十四、云南杨善洲精神研究基地